Rekuperatoriams, naudojamiems šilumos atgavimui iš išleidžiamo oro, valdyti naudojami rekuperatorių valdikliai. Rekuperatoriaus valdiklis leidžia automatiškai reguliuoti sistemą pagal vartotojo poreikius. Paprasčiausiuose modeliuose rekuperatoriaus našumas programuojamas pagal laiką (pvz., tam tikromis valandomis). Pažangesni rekuperatorių valdikliai gali valdyti įeinančio oro temperatūrą, reguliuoti našumą pagal drėgmę, temperatūrą (remiantis temperatūros, CO2 jutikliais) ir turėti papildomas signalizacijos funkcijas. Rekuperacijos valdikliai leidžia valdyti ne tik šildytuvo darbą, bet ir reguliuoti aušintuvą bei gruntinį šilumokaitį (GWC).
Moderniausi rekuperatorių valdikliai yra aprūpinti ekranais, dėl kurių rekuperacijos procesas tampa dar efektyvesnis.